事實上，膽結石與肝功能及膽汁的新陳代謝有關，由於肝機能異常亦會使得膽汁成分有所改變；因此，在臨床上慢性肝炎（尤其肝硬化）患者，有較高的膽結石罹患率。反之，其他膽道結石最常見的主因大部分是由於膽管本身發生先天性狹窄，或者膽道受到腸道中細菌（主要是大腸桿菌）的感染，而使得膽道內皮細胞損傷，再加上膽汁成分變異而形成結石。

再者，膽結石成分還是以膽汁為主（其餘包括膽固醇、膽色素、甚至鈣離子）；在正常的化學及物理環境下，大多數的人都不會產生膽結石；但假若個體本身飲食不當或膽道發生病菌感染，再加上排泄通路阻塞（便祕），則易使膽汁中過量的成分析出沈澱而形成結石。因此，在日常飲食習慣中，應該避免食用高醣類、高油脂類（甚至高膽固醇類）食物，以免使得膽汁中的三種脂類（膽固醇、卵磷脂、膽汁酸）成分分配不均，則會較易有結石結晶析出；假若個體攝取過多膽固醇類食物，則容易產生「膽固醇性膽結石」；此外，個體罹患習慣性便祕亦較易使得腸內細菌（尤其是大腸桿菌）沿著膽道上行而使得膽道發生細菌感染，如此亦容易生成結石。