絕大部分的脂肪肝罹患者，都有一個良性的自然病史，甚至於終其一生都沒有絲毫臨床症狀。但對某些病因所產生的脂肪肝而言，如藥物中毒性脂肪肝、妊娠急性脂肪肝以及酒精性脂肪肝中，則其在自然病史中較為坎坷；甚至在急性發作期時，這些脂肪肝罹患者會出現黃疸、腹水以及肝昏迷等嚴重合併症的肝臟衰竭的病症。甚至少數罹患者會因為進行性的肝衰竭而步人死亡。

　　而倖免者假若其致肝傷害的因素仍然存在時，如藥物中毒或過敏、長期多量喝酒、懷孕末期的脂肪變性，或許會使得肝細胞的生理解剖構造發生不可回逆的局面，不但在臨床上會呈現慢性肝炎的徵兆（長期肝功能異常），甚至會衍生肝硬化的病變。在極少數藥物中毒性脂肪肝罹患者，由於藥物異常的囤積在肝臟的組織中，而形成類似腫瘤的病灶，這些都是刺激肝細胞衍生癌前病變。