絕大部分的脂肪肝罹患者之肝功能檢查，皆在正常範圍以內。而在一般常規的肝功能檢查中，如轉氨酶（GOT及GPT）、總膽紅素、r-GT（一種存在於膽道表皮細胞內的酵素）；其中會由於病因的不同，而使得各項檢查項目的敏感度出現不一樣的結果。

 　　舉例來說，肥胖所引起的脂肪肝，可能會出現r-GT輕度的異常；酒精性的脂肪肝會呈現GOT不正常（GPT反而在正常範圍內）以及r-GT不正常；而少數的脂肪肝則僅出現GPT輕度的異常。但在脂肪肝的急性惡化期，其肝功能所呈現異常的結果，有時很難與其他原因（病毒性）肝炎做為鑑別診斷，因此若只是常規的肝功能檢查，並無法確定脂肪肝的存在。