根據流行病學的探討，腸病毒較常感染嬰幼兒，在公共衛生較差的亞洲地區，十歲左右的人口群的腸病毒感染率竟高達百分之九十；但絕大部分的感染孩童都能夠完全恢復正常，僅有少數嬰兒或免疫缺陷的孩童，會產生較為嚴重的合併症。
在臨床上，「腸病毒」主要導致的臨床常見病症如下所述：
一、手足口疾病
「腸病毒」亦會引起皮膚病變，最典型的症狀就是分別在咽喉及口腔、手掌及腳掌出現小水泡，其主要是由於腸病毒中的克沙奇五型、十型以及十六型所引起的，而罹患者通常會伴隨輕度發燒及全身倦怠，而皮膚病變大多是在退燒後才出現的。
二、急性咽喉炎
在較為年長的罹患者較易出現「急性咽喉炎」，並伴隨著頭痛、咽喉痛、肌肉酸痛以及腹部不適感，此時或許會在咽喉黏膜處出現小水泡；此外，腸病毒亦會衍生氣喘、哮吼、支氣管炎以及肺炎。
三、皰疹性咽峽炎
腸病毒感染常會導致咽喉後處出現急性潰瘍，並伴隨高燒的現象，使得罹患者出現吞嚥困難以及食慾不振的症狀。
四、急性淋巴結腫大咽喉炎
主要是由於腸病毒中的克沙奇病毒Ａ第十型病毒所引起，其特徵是在咽喉處發現有黃白色的斑塊，而罹患者通常出現高燒的現象。
五、肋膜疼痛症候群
此病症主要由於克沙奇病毒Ｂ型所引起。在感染期中，罹患者會出現不等程度的肋膜疼痛；此外，並伴隨著頭痛、高燒、嘔吐、肌肉痠痛、腹痛以及頸痛的症狀，而罹患者體溫上升、胸部肌肉有壓痛感、胸廓無法隨意擴張，甚至可以聽出摩擦聲。
六、心肌炎或心包膜炎
腸病毒（尤其是克沙奇病毒Ｂ型）亦會導致罹患個體合併發生急性或亞急性病毒性心肌炎，通常罹患個體是新生兒，其典型症狀包括發燒、嗜睡、臉色蒼白、急性胸痛、呼吸困難、心跳加速、心律不整甚至心臟衰竭而導致死亡。
七、無菌性腦膜炎
在臨床上，在無菌性腦膜炎的病因中，其中有百分之八是屬於腸病毒，而無菌性腦膜炎罹患者同時亦會伴隨著不等程度之心血管合併症，如心肌炎或心包膜炎。