在一般坊間所販賣的種種不同成份益生菌的養生保健食品及飲料中，其仿單所陳述教導民眾服用益生菌的時刻莫衷一是。理論上，益生菌最好隨餐、餐間服用或飯後立即服用，但不要在空腹或飯後一個小時後才服用，因為此時胃酸pH約在2-3之間，會破壞益生菌本身的結構；此外，更可在餐間搭配較粗的蔬菜、牛奶、鮮奶一起服用，或把益生菌當做是一道餐中配菜來食用也無妨的。

    基本上，食物在口中經過咀嚼後，並與鹼性唾液混合，然後進入胃中，再加上胃肌攪動並形成食糜，其中有50％的食糜在30分鐘後會離開胃臟而進入小腸內。因此，同此理益生菌與食糜在均勻混合後，亦同樣可以推斷在30分鐘後，50%的益生菌會離開胃臟，也因而減少益生菌在酸環境中暴露的時間。也唯有如此，益生菌才有較高的存活率，並才能安然通過胃及小腸而到達大腸管腔並能成功移植在大腸黏膜上，來發揮其特有的生理機能，否則可能僅有不到20-40%有效的益生菌才能到達大腸管腔內存活下來。因此，不論如何隨餐服用益生菌是比較最適當的服用途徑，其主要是為了避免低pH值強烈胃酸以及腸道胰液及膽鹽的侵襲。

    再者，根據實驗証明益生菌在pH1.5-3.0胃酸環境中，其存活期不到三小時，而在pH 1.0胃酸環境中逗留一個小時，則完全被殲滅了，益生菌在濃度1.5%的膽汁中，其存活時間則不到三小時。