根據流行病學的探討，胃幽門螺旋桿菌最主要的傳染方式是經由糞-口途徑傳染的；也就是說，個體不小心吃下被胃幽門螺旋桿菌污染的食物或飲水而感染。因此，某些臨床醫學家亦曾經在人類口腔的牙菌斑上培養出這種細菌；由此，更加顯示胃幽門螺旋桿菌的傳染方式就是經口的胃腸道傳染。在臨床上，亦發現胃腸科醫師感染胃幽門螺旋桿菌的比率較其他科醫師來得高，主要是由於胃幽門螺旋桿菌存在於胃液中，而胃腸科醫師在施行胃鏡檢查時必然會接觸到胃液，若雙手消毒不完全就進食，可能因此而感染到胃幽門螺旋桿菌。所以，在此強調飲食的調理方式以及飯前洗手的重要性，以免個體因誤食胃幽門螺旋桿菌而被傳染。